Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á được thành lập theo Chủ thuyết Truman[11]:439, nhằm át chế thế lực cộng sản chủ nghĩa tại châu Á[5]:338-339, đồng thời phòng ngừa thế lực của Trung Quốc và Miền Bắc Việt Nam phát triển về phương nam[12]. Trong thời gian Eisenhower đảm nhiệm chức vụ Tổng thống Hoa Kỳ, Ngoại trưởng John Foster Dulles (tại nhiệm 1953–1959) mở rộng khái niệm phòng thủ tập thể chống cộng đến Đông Nam Á nhằm đạt được mục đích kể trên.[2]:1 Cuối năm 1953, Phó Tổng thống Hoa Kỳ đương thời là Richard Nixon sau khi công du châu Á đã chủ trương thành lập tại châu Á một tổ chức theo mô hình của Tổ chức Hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO)[13]:173-174. Ngoài ra, Hoa Kỳ và Việt Nam Cộng hòa đều không ủng hộ Hiệp định Genève 1954[14]. Đến ngày 8 tháng 9 cùng năm, Hoa Kỳ cùng một số quốc gia khác tại Manila ký kết "Hiệp ước phòng thủ tập thể Đông Nam Á" (còn gọi là "Hiệp ước Manila"); chuyên gia của các quốc gia ký kết đã triển khai đàm phán nội dung hiệp ước từ vài ngày trước đó, đồng thời vào ngày 6 tháng 9 tại Manila triệu tập hội nghị, thành lập liên minh quân sự[15]. Các quốc gia ký kết "Hiệp ước Manila" sau đó căn cứ theo hiệp ước để lập nên Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[2]. Đối tượng mà tổ chức bao vây ngăn chặn là nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa thi hành xã hội chủ nghĩa[16]:97. Quốc gia thành viên của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á (đặc biệt là Hoa Kỳ) nhận định rằng thể chế này có khả năng cản trở những người cộng sản thay đổi bản đồ chính trị Đông Nam Á[14].

Sau khi thành lập tổ chức, các quốc gia phương tây từng có ý muốn phát triển thể chế này thành NATO phiên bản Đông Nam Á[17]:836. Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á điều phối quân đội các quốc gia thành viên nhằm đạt đến mục đích phòng vệ tập thể. Năm 1957, trong hội nghị của SEATO tại Canberra thiết lập Hội đồng Bộ trưởng, Bộ tham mưu quốc tế cùng các ủy ban về kinh tế, an ninh và thông tin,[9] đồng thời lập chức vụ Tổng thư ký. Tổng thư ký đầu tiên của tổ chức là Pote Sarasin, ông là một nhà ngoại giao và chính trị người Thái Lan, từng giữ chức Đại sứ Thái Lan tại Hoa Kỳ trong khoảng thời gian 1952-1957[2]:186[18], và từng giữ chức Thủ tướng Thái Lan từ tháng 9 đến hết năm 1957[19]. Từ đó về sau, Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á do Tổng thư ký lãnh đạo.[2]:184[9].

Khác với NATO, Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á không thiết lập quyền chỉ huy thống nhất đối với lực lượng thường trực[10]. Ngoài ra, nguyên tắc phản ứng của SEATO trong trường hợp chủ nghĩa cộng sản thể hiện "uy hiếp chung" đối với các quốc gia thành viên là mơ hồ và vô hiệu, song việc là thành viên của tổ chức cung cấp cho Hoa Kỳ một cơ sở pháp lý để tiến hành can thiệp quy mô lớn trong Chiến tranh Việt Nam[20]